Hinsichtlich der Seelsorge ist die Gemeinde in drei Pfarrsprengel geteilt. Die Pfarrei Adlkofen war einst eine der größten und reichsten in der Diözese Regensburg, obwohl der Ort Adlkofen selbst nur aus wenigen Häusern bestand. 1802 wirkte hier unter anderem der spätere Bischof Schabl als Supernumerar. Er gründete die Feiertagsschule und setzte didaktische Verbesserungen in der Volksschule durch. Zur Pfründe gehörten ein großes landwirtschaftliches Anwesen und ein ansehnlicher Waldbesitz. Darüber hinaus übte der Pfarrer bis 1803 die Grundherrschaft über eine Reihe von Gehöften aus. Die Pfarrei ist seit dem 13. Jahrhundert nachweisbar. Der Bau der Kirche wurde 1733 in der heutigen Form anstelle von Vorkirchen begonnen. Reichlkofen (1876), vormals Filiale und später Vikariat der Pfarrei Kirchberg, wurde 1717 eine selbständige Pfarrei, die zum Kloster Niederviehbach gehörte. Seit dem 2. Weltkrieg werden in Adlkofen auch regelmäßig Gottesdienste für die evangelischen Gemeindebürger zelebriert. Die Kirche in Jenkofen (1422), die zur Pfarrei  Hohenegglkofen und damit zum Bistum Freising gehört, ist ein Kunstdenkmal von überörtlicher Bedeutung. Die prachtvollen Fenster aus dem Jahre 1447 im Chor der Kirche gehören zu den schönsten Glasgemälden, die in Bayern erhalten sind. Sie zeigen unter anderem den Stifter, Herzog Heinrich von Landshut, in voller Rüstung im Gebet. Die romanische Nebenkirche in Dechantsreit ist das älteste Bauwerk in der Gemeinde. Sie wurde 1280 errichtet, als die Rodung des Kröninger Forstes erneut vorangetrieben wurde.